National production of certified reference fungal cultures / Producción nacional de cultivos fúngicos de referencia certificados

Reference fungal cultures (RFCs) are essential for the internal quality control of laboratories. The production of these cultures requires standardized procedures (IRAM 14950:2016 and ISO 17034:2016 standards) carried out by a recognized and accredited laboratory. The aim of this work was to produce RFC in paper disks of autochthonous strains, characterized by two, homogeneous and stable reference methods traceable at species level. RFC were produced using 14 regional species (7 yeasts and 7 filamentous fungi) from the fungal culture collection (DMic). Paper disks were impregnated with a culture suspension, dried and packed. Homogeneity, viability, identity and purity were verified. Short-and long-term stability at different temperatures and storage times were studied. Characterization of each strain allowed to confirm its identity and to ensure its traceability at international level. Produced batches were homogeneous and stable at -20 ±5 °C for 30 months. This method of production was adequate to produce homogeneous and stable RFC with phenotypic and genotypic characteristics correctly defined and internationally traceable. Standardized procedures were developed for the production of certified RFC that could be transferred to other microorganisms. Providing RFC that represent regional strains allows laboratories to produce more reliable results with a favorable impact on medical diagnosis, the environment or the food industry.

Los cultivos microbianos de referencia (CR) son imprescindibles para el control de calidad interno de los laboratorios. Asegurar su producción requiere de procedimientos estandarizados (IRAM 14950:2016 e ISO 17034:2016) realizados en un laboratorio reconocido y acreditado. El objetivo de este estudio fue producir cultivos fúngicos de referencia en discos de papel, a partir de un panel de cultivos autóctonos caracterizados por dos métodos de referencia, trazables a nivel taxonómico de especie, homogéneos y estables. Se produjeron CR de 14 especies circulantes en Argentina (7 de levaduras y 7 de hongos miceliales), depositadas en la colección de hongos de interés médico (DMic). Los discos de papel fueron embebidos con una suspensión del cultivo por producir, secados y envasados. Se verificó la homogeneidad, viabilidad, identidad y pureza de cada lote. Se evaluó la estabilidad a corto y largo plazo a distintas temperaturas y tiempos de almacenamiento. La caracterización de cada CR nos permitió confirmar su identidad y asegurar su trazabilidad a nivel internacional. Los lotes producidos fueron homogéneos y estables durante 30 meses conservados a -20 ±5 °C. Este método resultó adecuado para producir CR homogéneos y estables, con características fenotípicas y genotípicas correctamente definidas y trazables a nivel internacional. Los procedimientos estandarizados desarrollados en este trabajo pueden ser transferidos para producir CR certificados de otros microorganismos. La provisión de CR que represente cepas regionales permite a los laboratorios producir resultados más confiables con un impacto favorable en el diagnóstico médico, los estudios ambientales y la industria alimenticia.

Espectrometría de masas MALDI-TOF: evaluación de la etapa preanalítica para la identificación de hongos miceliales / MALDI-TOF mass spectrometry: Evaluation of the preanalytical phase for identification of molds

Se evaluaron 3 metodologías de extracción de proteínas para la identificación de hongos miceliales por MALDI-TOF MS en 44 aislados: la extracción con agua-ácido fórmico (E. agua), la extracción con zirconio-etanol-acetonitrilo-ácido fórmico (E. zirconio) y la recomendada por el proveedor del equipo (E. tubo). Se compararon 2 bases de datos: Bruker (BK) y BK + National Institutes of Health. Los resultados obtenidos utilizando dichas bases fueron los siguientes (en el orden citado): identificación correcta (IC) a nivel de género, 10 y 16 con E. agua; 27 y 32 con E. zirconio y 18 y 23 con E. tubo; IC a nivel de especie, 5 y 7 con E. agua; 17 y 20 con E. zirconio y 11 y 14 con E. tubo; identificaciones no confiables, 18 y 12 con E. agua y 9 y 4, tanto con E. zirconio como con E. tubo; ausencia de pico, 16 con E. agua, 8 con E. zirconio y 17 con E. tubo. La extracción con zirconio mostró el mejor rendimiento (p < 0,05).

In order to optimize the identification of molds with MALDI-TOF MS, three protein extraction-methodologies were evaluated against 44 isolates: water extraction (WE), zirconium extraction (ZE) and the provider's recommended method (PRM). Two data bases were compared, Bruker (BK) and Bruker + National Institutes of Health. Considering both databases, results were respectively as follows: correct identification (CI) at gender level, 10 and 16 by WE; 27 and 32 by ZE and 18 and 23 by PRM; CI at species level, 5 and 7 by WE; 17 and 20 by ZE and 11 and 14 by PRM; non-reliable identification, 18 and 12 by WE; 9 and 4 by ZE and by PRM. No peaks were observed in 16 by WE, 8 by ZE and 17 by PRM. ZE showed the best perfomance (p < 0.05).

Onicomicosis: epidemiología, agentes causales y evaluación de los métodos diagnósticos de laboratorio / Onychomycoses: epidemiology, causative agents and assessment of diagnostic laboratory methods

Desde marzo de 2007 hasta marzo de 2011 se estudiaron prospectivamente 414 pacientes con onicodistrofias en un laboratorio privado de Esquel. La prevalencia de onicomicosis de pie fue del 78 %; la de mano, del 58 %. Los principales agentes etiológicos fueron Trichophyton rubrum, Candida spp. y Trichophyton mentagrophytes. El desarrollo de dermatofitos prevaleció en las onicopatías de pie y el de Candida spp. en las de uñas de mano (ambos, p < 0,05). En las onicomicosis candidiásicas predominaron especies diferentes a Candida albicans. Las onicomicosis fueron más frecuentes en los hombres que en las mujeres. A su vez, en los hombres hubo más aislamientos de T. rubrum en pies (p < 0,05) y mayor proporción de exámenes directos (ED) y cultivos positivos (ambos, p < 0,05). La correlación entre los resultados del ED y del cultivo fue del 68 %. El rédito de ambos métodos se asoció a un mayor tamaño de la lesión ungueal. El ED fue más efectivo en onicodistrofias que superaban los 5 años de evolución. La positividad del cultivo fue independiente de la cronicidad de la onicodistrofia.

Since March 2007 to March 2011, 414 patients with onychopathies were prospectively analyzed. Prevalence of the toenail and fingernail mycoses was 78 % and 58 %, respectively. The major etiological agents were Trichophyton rubrum, Candida spp. and Trichophyton mentagrophytes. Dermatophytes were more frequently cultured from toenails, whereas Candida spp. from fingernails (both, p < 0.05). In candidal onychomycosis, species different from C. albicans were prevalent. A higher prevalence of toenail and fingernail mycoses, a predominance of T. rubrum in toenails (p < 0.05), and greater positivity in the direct examination (DE) and in culture (both, p < 0.05) were more frequently observed in men than in women. The correlation between DE and culture was 68 %. DE and culture yields were associated with a greater size lesion. DE was more effective in onycodystrophies with duration of more than 5 years. Culture positivity was independent of nail affection chronicity.

Perfil de las onicomicosis basado en 2106 exámenes micológicos / Onychomycoses profile based on 2106 mycological studies

Introducción. Las onicomicosis representan el 50% de las patologías ungueales, su incidencia se calcula en el 4% de la población mundial y es aún más elevada en las personas mayores de 50 años. Son causadas por tres grupos de hongos: dermatofitos, levaduras y hongos miceliales no dermatofitos (HFND). Objetivos. El objetivo es dar a conocer los resultados de exámenes micológicos de uñas en una muestra significativa de una parte de la población de la ciudad de Buenos Aires, donde se consignan además las características clínicas de las lesiones observadas, los agentes causales, los factores predisponentes y los principales diagnósticos diferenciales. Resultados. Se estudiaron 1753 lesiones en los pies y 353 onicodistrofias de manos. En las manos la alteración ungueal más frecuente fue la onicolisis (75%); en los pies, las más comunes fueron onicolisis (42%) y compromiso distal subungueal (37,7%). El 50,3% de los exámenes micológicos fue negativo. La correlación entre los exámenes microscópicos directos y los cultivos fue de 79,3%; el 31% de los exámenes directos evidenciaron dermatofitos o hifas hialinas que tuvieron cultivos negativos. Los aislamientos más frecuentes fueron: Trichophyton rubrum (419), Candida spp (140), HFND (94: Acremonium spp y Fusarium spp fueron responsables del 70%) y Trichophyton mentagrophytes (50). Conclusiones. La mitad de los exámenes micológicos de uñas fueron negativos. La mayor parte de las onicomicosis de los pies fue ocasionada por T. rubrum, en tanto que en las manos predominó Candida sp. El papel desempeñado por Candida y los HFND en la producción de onicodistrofias no es claro. No hubo ninguna lesión patognomónica de onicomicosis

Introduction. Approximately 50% of nail diseases are fungal infections, its incidence is 4% of human population and it is higher in persons older than 50 years old. Onychomycoses are caused by three groups of fungi: Dermatophytes, yeasts and nondermatophytes mycelial fungi (NDMF). Objectives. To report the results of mycological examinations of the nails of a representative sample of Buenos Aires city population; etiologic agents, clinical characteristics, risk factors and differential diagnosis were considered. Results. 1753 toenails studies and 353 fingernails examinations were performed. Onycholysis was the most frequent fingernail alteration, 75% of the cases, while onycholysis 42% and distal or lateral subungueal dystrophies were the most common lesions in the toenails. Negative mycological studies were detected in 50,3% of the studies and in 79,3% of the exams, the microscopicobservation agreed with the cultures results; 31% of the cases which presented dermatophytes or hyaline hyphae in the direct microscopic study, did not show any fungal growth in cultures. The fungal species more frequently identified were Trichophytonrubrum 419 cases, Candida spp 140, NDMF 94 and Trichophyton mentagrophytes in 50 patients. Acremonium spp and Fusariumspp were the etiologic agents of 70% of onychomycoses due to NDMF.Conclusions. 50% of mycologic studies were negative. The majority of toenails onychomycoses was due to T. rubrum and the most frequent etiologic agent of fingernails onychomycosis was Candida sp. The role of Candida sp and NDMF in the production of onychodistrophies is not clear. There was not any typical nail alteration of onychomycosis.